Jako ptak duży bocian czarny praktycznie nie ma wrogów naturalnych. Jedynym drapieżnikiem zdolnym do zaatakowania dorosłego bociana jest bielik. W ostatnich latach populacja tego ostatniego wykazuje silny wzrost. Bociany najprawdopodobniej opuszczają stanowiska w pobliżu, których zagnieździły się bieliki. Pozostawione bez opieki gniazdo może zostać splądrowane przez kruka lub kunę - ich ofiarą padają jaja lub pisklęta. Niebezpieczne dla jaj i piskląt są też gwałtowne burze w czasie, których może dochodzić do spadania gniazd lub łamania się drzew z gniazdami. Dużo groźniejsze dla trwałości populacji bociana czarnego są czynniki antropogeniczne, czyli działania ludzi. Należą do nich:

• Płoszenie - niepokojone ptaki najczęściej opuszczają gniazdo, nawet krótka nieobecność dorosłego osobnika wystarczy, żeby jaja lub pisklęta zostały zrabowane przez drapieżnika, np. kruka. W przypadku wielokrotnego naruszania spokoju ptaków dochodzi do porzucania lęgów.
• Różnego rodzaju prace prowadzone w pobliżu gniazd (leśne, drogowe, melioracyjne) - trwająca dłuższy czas (od kilku godzin do kilkunastu dni) stała obecność ludzi, praca maszyn w czasie sezonu lęgowego doprowadza do porzucania stanowiska. Prace prowadzone poza sezonem lęgowym mogą doprowadzać do zmian w środowisku, których ptaki nie zaakceptują i również porzucą stanowisko. Na szczęście obecnie tego typu sytuacje należą do rzadkości i wynikają raczej ze zbyt słabego zbadania terenu niż z celowych działań lub lekceważenia przepisów prawa.
• Kłusownictwo - co jakiś czas odnotowuje się przypadki wchodzenia do gniazd rzadkich ptaków, w tym i bociana czarnego - świadczą o tym pozostawiane przez sprawców ślady. Celem penetracji gniazd może być wybieranie jaj lub piskląt, albo nielegalne fotografowanie. Wiadomo, że tego typu procedery istnieją, ale trudno jest oszacować ich rozmiary i wpływ na populację bociana czarnego czy innych ptaków.
• Zanikanie terenów podmokłych - zjawisko to zostało wywołane przez nadmierne melioracje i regulację rzek. Pociąga ono za sobą negatywne skutki dla bociana czarnego:

Brak odpowiednich do założenia gniazda drzew - lasy w Polsce są stosunkowo młode - tak ukształtowała je historia, brakuje w nich odpowiednio starych i mocnych drzew. Z tego powodu bociany czarne bardzo często wybierają drzewa zbyt słabe, aby mogły utrzymać duże i ciężkie gniazdo. Gniazda takie spadają w czasie silniejszych wiatrów, łamią się pod ich ciężarem gałęzie. Czasami silne wiatry łamią lub przewracają całe drzewo z gniazdem. Często się zdarza, ze istniejące gniazdo lub drzewo nadające się do zbudowania gniazda zostaje zarośnięte przez gałęzie lub sąsiednie drzewa, co uniemożliwia korzystanie z nich przez bociany. Często jest to jedyne w okolicy miejsce zapewniające w miarę bezpieczne warunki gniazdowania.